درون مایه اصلی داستان فرانکنشتاین خطرآفرین بودن علم است. اینکه علم می‌تواند ضرر داشته باشد و سبب رذالت و شرارت شود، همین خطرآفرین بودن علم است که سبب می‌گردد پروتاگانیست داستان همه عزیران و نزدیکان خودش را از دست دهد.
داستان فرانکنشتاین یک داستان هیولایی است، داستان‌های هیولایی از آن دست داستان‌هایی هستند که یک موجود مخوف یا قدرت غیرطبیعی ایجاد وحشت و آسیب برای اشخاص داستان می‌کند. هیولای فرانکنشتاین در واقع استعاره‌ای است از تمامی مصائب خود وی، که هم اکنون در قامت یک هیولا خود را به تصویر می‌کشد.
فضای داستان، فضایی رازآلود و پر وهم است، در این فضا ما با شخصیتی پنهانکار روبرو هستیم، این پنهانکاری نتیجه تحقیقات را به شکلی مخفیانه پیش می‌برد. در داستان فرانکنشتاین روشنایی نماد دانش و آگاهی است.
روشنایی نماد کشف، اختراع و … است. یکی از وجوهی که روشنایی در آن خود را نشان می‌دهد آتش است. ایجاد شدن آتش نشانه افزایش روشنایی و افزایش روشنایی نشانه افزایش آگاهی و به شکلی سمبلیک است.
زاویه دید فرانکنشتاین زاویه دید اول شخص است، اما نکته خاص در این است که راوی‌ها متنوع هستند و به سرعت تغییر می‌کنند. راوی داستان در آغاز کاپیتان والتون است، اما پس از گذر چند صفحه راوی از کاپیتان والتون به ویکتور فرانکنشتاین تغییر وضعیت می‌دهد.
در مراحلی پسینی داستان راوی تبدیل به خود هیولا می‌شود.
نقطه عطف داستان فرانکنشتاین زمانی است که هیولا به وجود می‌آید لحظه مواجهه با هیولا همان گره یا به بیان دیگر تعارض داستان است.
شیوه روایت به شخصیت‌پردازی هیولای فرانکنشتاین کمک می‌کند، در شخصیت‌پردازی این هیولا او را موجودی بربر وحشی و دارای خشونت می‌بینیم.
داستان فرانکنشتاین هم از الگوی پروتاگانیست، آنتاگونیست تبعیت می‌کند، پروتاگانیست داستان خود ویکتور فرانکنشتاین است و آنتاگونیست آن خود هیولای وحشی.
اما چرا هیولا آنتاگونیست داستان است، هیولا فرانکنشتاین را مجبور به انجام اقدامات وحشیانه می‌کند و به نوعی وی را شکنجه می‌دهد، چرا که تمامی متعلقات فرانکشتاین را از او می‌گیرد. هیولا از تمامی ویژگی‌های انسانی تهی است.
این تهی بودن را در نبود عاطفه، نا توان بودن نسبت به تکلم به زبان انسانی و کم عقلی وی می‌بینیم. داستان فرانکنشتاین سرشار از تلمیح‌های مختلف ادبی، تاریخی، سیاسی و … نسبت به داستان‌های پیش از خودش است.
در داستان اشاراتی به سانچو پانزا از شخصیت‌های داستان دن کیشون سروانتس می‌بینیم. یا اشاره‌ای به داستان سفرهای کریستوف کلمب از واشنگتن اروین به چشم می‌خورد. از نظر مذهبی داستان نگرشی به تعریف یهودی خدا دارد.
در مراحلی از داستان نویسنده ما را به کیمرا هیولای مونث یونان باستان ارجاع می‌دهد و با اسطوره‌های سایر ملل از جمله شخصیت های داستان هزار و یک شب ارتباط برقرار می‌کند.
از نظر ژانر ما با یک داستان غیر رئال طرف هستیم، نشانه‌های داستان‌های گوتیک و فانتزی با حضور موجودات ماورا طبیعی در داستان به چشم می‌خورد. و این امر سبب می‌شود تا ما با عناصر غیرواقع پرشماری در خلال داستان روبرو شویم.